Die Luftwaffe war mit Blick auf einen möglichen Kriegseinsatz vor allem unter dem Gesichtspunkt der Flexibilität und der Effektivität organisiert worden. Die Luftwaffe als Ganzes zerfiel dabei in die Luftgaue, die die Infrastruktur am Boden bereit zu stellen hatten und die Luftflotten, in denen die Einsatzverbände zusammen gefasst waren. Die Luftflotten bestand aus den Führungsstäben, dem Fliegerkorps und den einzelnen Geschwadern. Zudem oblag den Luftflotten auch die Organisation der Luftabwehr in ihrem jeweiligen Bereich. Besondere Probleme bereitete dies im Bereich der Luftflotte "Reich", da Hitler die Aufstellung der Flak-Batterien innerhalb des deutschen Kernlandes einfach an sich gezogen hatte. Wie auch bei anderen Bereichen, deren Leitung Hitler persönlich übernommen hatte, führte Hitlers Ignoranz und Unwissenheit immer öfter zu strategischen und taktischen Fehleinschätzungen der Lage. Nicht selten waren die Einheiten völlig fehl platziert.

Luftgaue waren in ihren Bereichen zuständige Bodenorganisationen. Sie waren relativ unabhängig und verantwortlich für die Errichtung und Unterhaltung sämtlicher Flugplätze, Werkstätten, Treibstoff- und Waffenlager sowie allen sonstigen für die Fliegerei notwendigen Infrastrukturen in Ihrer Region. Zudem hatten sie das notwendige Verwaltungs- und Versorgungspersonal und deren Organisation zu stellen.

Demgegenüber waren die fliegenden Verbände in Führungsstäbe der Luftkreiskommandos, später Luftflotten unterteilt worden. Die Luftkreiskommandos, I bis VI, wurden am 01.04.1934 aufgestellt und bereits ein Jahr später neu organisiert. Am 04.02.1938 wurden aus den Luftkreiskommandos I bis IV, drei Luftwaffengruppenkommandos und zwei Luftwaffenkommandos. Am 01.02.1939 wurden aus den drei Luftwaffengruppenkommandos die Luftflotten 1, 2 und 3. Den einzelnen Luftflotten waren jeweils feste Regionen zugeteilt worden, die sich regelmäßig über eine ganze Anzahl von Luftgauen erstreckten. Eine Luftflotte bestand dabei jeweils aus allen in dieser Region operierenden Einsatzverbänden der Luftwaffe und deren Stäbe, den obersten Führungsstäben für die Luftflotte selber und das für die speziell Einsatz bezogenen Belange zuständige Fliegerkorps der Luftflotte Durch die rasche Expansion des 3. Reiches im Verlaufe des Krieges wurde die bestehende Konzeption der Gebietsaufteilung in vier Luftflotten schnell überholt und musste an die neuen Gegebenheiten angepasst werden. Die Luftflotte 1 dehnte ihren Bereich auf das nördliche Russland aus. Die Luftflotte 4 übernahm den südlichen Abschnitt der Ostfront. Der Mittelteil der Ostfront fiel an die neu gebildete Luftflotte 6. Die Luftflotte 3 hatte die Benelux-Staaten und Frankreich zusätzlich zugeteilt bekommen. Die im Norden Europas eroberten Gebiete wurden der ebenfalls neu aufgestellten Luftflotte 5 unterstellt. Die Luftflotte 2 musste unsinnigerweise den Mittelmeerraum in seinen Einsatzbereich auf nehmen. Hätte statt dessen die neu gebildete Luftflotte 5 den gesamten Mittelmeerraum einschließlich Afrika übernommen und die Luftflotte 2 die besetzen Gebiete in Nordeuropa, wäre zweierlei vermieden worden. Zum einen wären die Einheiten der Luftflotte 5 nicht zwischen zwei weit auseinander liegenden Einsatzgebieten aufgeteilt worden und zum anderen wäre eine bessere Anpassung an die klimatischen und einsatztechnischen Bedingungen im Mittelmeerraum und Afrika leichter zu bewerkstelligen gewesen. Die Luftflotte 5  hätte so vollständig auf das Mittelmeerklima eingestellt werden können, während die Luftflotte 2 in Nordeuropa im wesentlichen ähnliche Einsatzbedingungen vorgefunden hätte, wie in ihrem bisherigen Einsatzraum. So aber musste die Luftflotte 2 mit den sich aus einer solchen Zweiteilung ergebenden Versorgungsproblemen herumschlagen und konnte wegen der notwendigen Akklimatisierung-Zeiträumen auch nicht mehr so flexibel verlegen wie es ursprünglich mal geplant gewesen war.

Die Staffel bildete die kleinste Einheit mit einer Nennstärke von neun Flugzeugen. Geführt wurde sie von einem Staffelkapitäne, gewöhnlich ein Oberleutnant oder Hauptmann. Innerhalb einer Staffel leiteten Piloten, je nach Dienstgrad und Ausbildung, auch untergebenes technisches Personal. Die Mannschaftsstärke des fliegenden Personal lag in der Regel bei 10-12 Piloten, wobei auch regelmäßig Unteroffiziere als Piloten eingesetzt wurden. Im Verlaufe des Krieges wuchs die Anzahl der Maschinen in einer Staffel auf 16 an. An Bodenpersonal war normalerweise das 10-fache vorhanden. Auf der taktischen Ebene war die Rotte, bestehend aus 2 Flugzeugen, die kleinste Einheit. 2 Rotten setzten sich zu einem Schwarm zusammen.

Der nächst kleinere Einsatz- und verwaltungstechnische Verband, waren die einzelnen Gruppen eines Geschwaders, die normalerweise aus drei Staffeln mit je neun Maschinen und einem Stab mit drei Flugzeugen bestehen sollte. Innerhalb einer Gruppe wurde zumeist nur ein Flugzeugtyp geflogen, aber auch hier gab es - wenn auch selten - Ausnahmen, wenn zum Beispiel die Bereitschaftsstärke zu sehr abnahm, weil nicht ausreichend Maschinen eines bestimmten Typs vorhanden waren. Da Gruppen fast immer vollständig und in einem Stück verlegt wurden, waren meistens auch alle Staffeln auf einem Flugplatz stationiert. Aus verschiedenen Gründen konnte es aber vorkommen, dass einzelne Staffeln entweder zur Auffrischung oder Umrüstung in der Heimat waren, oder aber mit einem anderen Geschwaderteil an einem anderen Kriegsschauplatz kämpften. Eine Sonderrolle nahmen hierbei stets Geschwadertyp-fremde Staffeln, wie z.B. JaBo-Staffeln ein. Waren einzelne Staffeln oder Gruppen all zu sehr dezimiert, war es üblich, dass andere Staffeln oder Gruppen mit Personal oder Maschinen aushalfen, wenn bei ihnen genügend vorhanden war. So gab es Gruppen, die verfügten zwar über ausreichend Maschinen, aber bei denen es an Piloten mangelte, während es sich bei anderen Gruppen genau andersherum verhielt. Geführt wurde eine Gruppe von einem Kommandeur, meistens ein Hauptmann oder Major. Seinen Stab bildete ein Adjutant, technische Fachoffiziere und ein Sanitätsoffizier. Das Verhältnis von Piloten zu Bodenpersonal lag in der Regel bei 1:5 bis 1:9.

Der Stab des JG 53 auf dem Fliegerhorst MA-Sandhofen

Die einzelnen Geschwader waren stark untergliedert, was zu einer hohen Flexibilität führte. Das Geschwader als der größte fliegende Verband der Luftwaffe bestand aus drei Gruppen und einem Geschwaderstab. Die Nennstärke eines Geschwaders war auf 94 Maschinen projektiert. Diese Zahl setzte sich aus den je 30 Maschinen der drei Geschwadergruppen und vier weiteren Maschinen des Geschwaderstabes zusammen. Diese Zahlen konnten aber während des Krieges oftmals nicht eingehalten werden. Dafür gab es verschiedene Gründe, wichtigster Faktor war aber zweifelsohne die Feindeinwirkung. Aber auch die, für die Größe der Luftwaffe und die Schwere der Kämpfe, zu klein dimensionierte Fertigung von neuen Maschinen, und die ständig steigenden Probleme bei der Ausbildung neuer Piloten hatten einen beträchtlichen Einfluss auf die Nennstärke eines Geschwaders. Machten es die tatsächlichen Gegebenheiten des jeweiligen Kriegsschauplatzes notwendig, wurde die Geschwaderstruktur umgestellt, z.B. indem aus dem Gruppenverband ausgelöste Spezialstaffeln aufgestellt wurden, die dann weitgehend autonom operieren konnten, wie es für Jabos oder auf Schlechtwetter oder besonders große Höhen spezialisierte Jagd- und Bomberstaffeln notwendig war. Im Verlaufe des Kriegs wurde jedem Bombergeschwader, aber auch zahlreichen Jagdgeschwadern eine vierte Gruppe als Ergänzungsgruppe angegliedert. In diesen Ergänzungsgruppen wurden die zukünftigen Besatzungen einsatzmäßig ausgebildet, ehe sie an die Front kamen. Diese einsatzmäßige Ausbildung sah so aus, dass Maschinen und Piloten dieser Gruppen nur in gesicherten Gebieten zum Einsatz kamen, wo sie ihren Einsatz weitgehend ungestört durchführen konnten. Gelegentlich machten es aber die Kriegsgeschehnisse erforderlich auch diese Geschwaderteile vollständig an die Front zuwerfen, was dann zu schweren Verlusten in diesen Gruppen führte. Bei einigen Geschwadern bestand sogar zeitweise eine fünfte Gruppe, diese wurden aber vom Oberkommando der Luftwaffe später allesamt wieder aufgelöst bzw. zur Ergänzung anderer Geschwadern herangezogen. Bei der Grundkonzeption war es geplant gewesen, die Geschwader immer geschlossen an einem Kriegsschauplatz zum Einsatz zubringen, und die verschiedenen Verbände des Geschwaders auf benachbarten Flugplätzen zu stationieren. Dies ließ sich aber aus zahlreichen Gründen im Verlaufe des Krieges immer weniger realisieren. Geführt wurde ein Geschwader von einem Kommodere, dieser Posten war je nach Größe, Einsatzart und -ort, entweder von einem Major, einem Oberstleutnant oder einem Oberst besetzt. Aber auch von dieser Regel gab es im Krieg Abweichungen. Sein Stab setzte sich aus einem Adjutanten, einem Einsatzoffizier und einem Luftnachrichtenoffizier zusammen. Bei Bedarf konnten weitere Spezialisten hinzukommen.